9月5日，国家防总进行防汛防台风专题会商调度，组织自然资源部、住房城乡建设部、交通运输部、水利部、农业农村部、中国气象局、国家能源局等部门，分析台风“摩羯”发展变化，研判台风带来的暴雨、大风、风暴潮、洪水等灾害态势，调度广东、广西、海南、云南等省份，进一步安排部署重点地区防范应对工作。根据《国家防汛抗旱应急预案》，国家防总于5日15时提升防汛防台风应急响应至二级，派出由应急管理部、水利部、交通运输部和自然资源部四部门组成的国家防总联合工作组分赴广东、海南，协助指导防汛防台风工作。
会商指出，台风“摩羯”将以超强台风级正面登陆粤琼沿海，可能成为2014年以来登陆华南沿海的最强台风，风雨潮浪极端性突出，破坏力极强，防汛防台风形势十分严峻。
会商要求，要全面落实海上防强风巨浪各项应对措施，广东、海南等地要对海上风险进行再排查、再部署，进一步抓好海上安全管控和上岸人员安全管理，坚决做到“不漏一人、不落一船”。要细致做好陆上强风暴雨高潮各项防范工作，加密监测、滚动预报、提早预警、动态研判，落实预警响应联动、预警“叫应”和跟踪反馈措施，按照转移避险“四个一律”要求，提前果断转移危险区群众。加强高空构筑物、户外广告牌等锚固加固，落实旅游景区、在建工地、交通航线等关停管控措施，及时采取停工、停业、停产、停课、休市等非常措施。要在重点地区、关键部位提前布防抢险救援和通信电力等力量装备，加强省内、省际间应急救援力量调配，坚持科学安全抢险救援，并统筹做好灾后救助各项准备工作。
国家防总办公室、应急管理部加强与海南、广东、广西、云南等重点省份沟通对接，共预置工程抢险力量2178人、装备492台套、直升机5架、社会应急力量659人；前置8套无人机通信平台、10套370MHz移动站、40套窄带自组网设备、575部对讲机等通信装备；协调工业和信息化部组织运营商前置做好公网通信保障工作。同时，加强与中国安能等相关中央企业、航空力量和社会应急力量沟通联络，在四川、贵州、福建等地落实工程抢险人员450人、220台套装备，直升机8架、翼龙 II 型无人机2架，社会应急力量200人全时备勤，做好跨区增援准备。
